معافیت موضوع ماده3 قانون مزبور با رعایت سایر مقررات آیین نامه اجرایی موضوع ماده13 قانون یادشده و نیز دستورالعمل اجرایی ماده22 آیین نامه اجرایی مذکور به شرح زیر قابل اعمال است:
1-معافیت موردنظر صرفاً از تاریخ صدور مجوز تا پایان مدت اعتبار مجوز صادره (مندرج در فهرست پیوستی) قابل اعمال خواهد بود. بدیهی است نظر به اینکه معافیت مذکور درصورت تمدید مجوز تا 15 سال از تاریخ صدورمجوزقابلاعمال می باشد، مراتب در صورت اعلام کارگروه مذکور اعلام خواهد شد.
2-معافیت مذکور صرفاً درخصوص فعالیتهای یادشده و قابل دسترس و مشاهده در سامانه اشخاص حقوقی بوده و سایر فعالیتهای آنان با رعایت مقررات مشمول مالیات میباشد.
3-عدم تسلیم اظهارنامه، ترازنامه ،حساب سود و زیان، دفاتر و یا اسناد و مدارک در دوره معافیت، موجب عدم استفاده از معافیت مقرر در سال مربوط خواهد شد.
4-درآمدهای کتمان شده مشمول برخورداری از معافیت مالیاتی مورد نظر نخواهد بود.
لازم به یادآوری است، اعمال معافیت موضوع ماده(3) قانون مذکور نسبت به درآمد ناشی از فعالیت های دانش بنیان مطابق مصادیق ذکر شده در فهرست ارسالی از سوی کارگروه مزبور مانع از اعمال معافیت موضوع ماده(9) قانون یادشده درخصوص واحدهای فناوری (پژوهشی و فناوری و مهندسی) مستقر در پارکهای علم و فناوری از تاریخ صدور مجوز توسط مدیریت (رئیس) پارک و نسبت به درآمدهای حاصل از فعالیتهای مذکوردرمجوزکه صرفاًدرپارکهایعلموفناوریتحقق مییابد نخواهدبود.
ضمناً همانگونه که در بخشنامههای صدرالاشاره تاکید گردیده است، نظر به اهمیت موضوع و لزوم بررسی تخصصی پرونده های مالیاتی شرکتها و موسسات دانش بنیان، مقتضی است ادارات کل امور مالیاتی رسیدگی و تشخیص پرونده های مالیاتی شرکت های مزبور را به گروه های رسیدگی متشکل از ماموران مالیاتی دارای تخصص در این خصوص محول نموده تا به صورت گروهی و متمرکز مورد رسیدگی و تشخیص قرار گیرند و اسامی گروه های رسیدگی را به دفتر فنی و حسابرسی مالیاتی اعلام نمایند.
همچنین شایسته است،ادارات امورمالیاتی شهر و استان تهران در احاله رسیدگی پرونده مالیاتی شرکت ها وموسسات دانش بنیان به گروه رسیدگی ذیربط، محل اقامتگاه قانونی شرکت ها و موسسات مورد اشاره را مدنظر قرار دهند