مطابق ماده 16 آیین نامه اجرایی ماده95 قانون مالیات های مستقیم موارد زیر موجب رد دفتر می گردد:
1- در صورتی که دفاتر ارائه شده نزد مراجع ذیربط به ثبت نرسیده باشد یا فاقد یک یا چند برگ باشد.
2- عدم ثبت یک یا چند فعالیت مالی در دفاتر به شرط احراز.
3- تأخیر تحریر دفاتر روزنامه بیش از 15 روز و تأخیر تحریر دفتر کل زاید بر حد مجاز مندرج در این آئیننامه.
4-عدم ثبت عملیات شعبه یا شعب در دفاتر مرکز طبق مقررات این آئیننامه.
5-در مواردی که دفاتر مزبور به ادعای مودی از دسترس وی خارج شده باشد و غیر اختیاری بودن موضوع مورد تأیید بالاترین مسئول اداره امور مالیاتی ذیربط قرار نگیرد.
6- عدم تطبیق مندرجات دفاتر قانونی بااطلاعات موجود در سیستمهای ماشینی (مکانیزه- الکترونیکی) و یا سامانه ثبت برخط معاملات در مورد اشخاصی که از سیستمهای مذکور استفاده و یا مکلف به استفاده از سامانه یادشده میباشند."[6]
7-جای سفید گذاشتن بیش از حد معمول در دفتر روزنامه.
8-عدم ارائه یک یا چند جلد از دفاتر ثبت شده اعم از تحریر شده و نانویس.
9-تغییر نرم افزار حسابداری مورد استفاده در طی سال مالیاتی بدون اطلاع قبلی اداره امور مالیاتی ذی ربط.
10-تغییر روش نگهداری دفاتر، اسناد حسابداری از ماشینی (مکانیزه- الکترونیکی) به دستی و بالعکس طی سال مالیاتی یا دوره مالی.
11- تحریر دفاتر به غیر از پول رایج کشور و زبان فارسی.
12-حذف برخی از عملیات در دفاتر الکترونیکی.
تبصره- در مورد بند 8 این ماده چنانچه سفید ماندن برای ثبت تراز افتتاحی باشد موجب رد دفاتر نخواهد بود و همچنین سفید ماندن ذیل صفحات دفتر در آخر هرروز یا هرهفته یا هرماه به شرطی که اسناد دارای شماره ردیف بوده و قسمت سفید مانده با خط بسته شود، به اعتبار دفتر خللی وارد نمی آورد.